تعمل الجمعية عبر عدد من البرامج على تحسين جودة التعليم المقدّمة لجمهورها، وتهيئة البيئة المناسبة لذلك، وتستهدف هذه البرامج 3 فئات رئيسية من جمهور جمعية برج اللقلق على النحو التالي:

•  الأطفال: تستقبل الجمعية سنوياً 50 طفلاً في روضة برج اللقلق، وتعمل على إكسابهم المهارات والمعلومات اللازمة لمرحلة دخول المدرسة، كما تقوم بتأهيلهم وتزويدهم بكل ما يحتاجونه عبر طاقم مؤهل ومتخصص، وهم إحدى الفئات المهمشة التي تعمل معها الجمعية. 
• طلبة المدارس: تقدم جمعية برج اللقلق دروساً تعليمية أكاديمية مساندة، في مواد الرياضيات واللغة العربية والإنجليزية، لطلاب المدارس ممن يعانون من وضع اقتصادي سيء أو من ضعف أكاديميّ واضح. ومن سكان البلدة القديمة عموماً. تساعد هذه الدروس الطلبة في تحسين مستواهم والتخفيف عن عائلاتهم مادياً. 
• طلبة التربية الرياضية\ جامعة القدس: تتعاون الجمعية مع جامعة القدس في تدريس تخصص التربية الرياضية، حيث يتم استعمال مرافق برج اللقلق لتعليم الطلبة وحضور الدوام الجامعي فيها.